Wpierw trzeba utworzyć dysk ratunkowy z WinPE http://techformator.pl/jak-stworzyc-dysk-ratunkowy-windows-7-recovery-cd/
Następnie po uruchomieniu WinPE z płyty na etapie wyboru opcji odzyskiwania systemu wskazujesz Command line (wiersz polecenia, ostatnia na liście)...
Następnie z poziomu winpe trzeba użyć diskpart http://techformator.pl/formatowanie-dyskow-i-nosnikow-wymiennych-w-diskpart/
Możesz nawet pójść o krok dalej i uruchomić okienkowe aplikacje do formatowania dysków, ale nie każda z nich będzie w stanie uruchomić się w środowisku Windows PE.
Ps. Należy podpiąć pendrive przed uruchomieniem WinPE, tak aby nie było problemu z jego wykryciem.